La géologie de la Région Matsiatra Ambony se démarque par la coexistence de deux systèmes :
- le système de VOHIBORY qui s’allonge et se rétrécit du nord vers le sud,
- le système du graphite, dans la partie Est de la région et parallèlement à la côte.
Entre ces deux systèmes sont plaqués :
– des roches granitiques et migmatites de Tampoketsa, sous forme de minces filets allongés le long des régions d’Amoron’i Mania, de Matsiatra Ambony et d’Ihorombe, toujours du nord au sud,
– des couches allongées parallèles à la côte et des îlots discontinus de roches granitiques,
– le système Androyen : très important dans la région. Ce système couvre environ le tiers de la région de Matsiatra Ambony dans sa partie occidentale.
Ce sont des roches essentiellement cristallines. Les terrains sédimentaires sont aussi importants dans les parties centrales et orientales de la Région.