L’hydrographie de la Région Matsiatra Ambony est caractérisée par le bassin versant du MANGOKY. Le réseau hydrographique de ce bassin versant prend sa source dans les Régions Matsiatra Ambony et Ihorombe (rivières Manantanana – Zomandao et Ihosy).
Un système hydrologique très important prend naissance dans le massif d’Andringitra et génère, en aval, des rivières importantes dont Zomandao (affluent de la Mangoky), Menarahaka, Iantara (affluents du Manampatra) et Rienana. Les bassins versants dépendant de ces rivières jouent un rôle important en matière de développement agricole et nombreux sont les villes/villages qui dépendent des cours d’eau sortant du massif (Source: Diagnostic Haute Matsiatra).
La Région est traversée par trois grandes rivières qui forment toutes des affluents du fleuve Mangoky, notamment
- la rivière Zomandao au sud de la Région,
- la rivière Mananantanana dans la partie centrale
- et la rivière Matsiatra qui prend source dans la partie centrale et passe dans la ville de Fianarantsoa mais qui plus en aval, forme la limite nord-ouest de la Région.
La superficie totale du bassin versant de Mangoky est de 55.750 km² et il se déverse dans le canal de Mozambique.
Les principaux cours d’eau sont Mitody, Manambaroa, Fanindrona avec la source de Fisakana traversant Fandriana et Manandriana dans la Région Amoron’I Mania. Il y a aussi le fleuve Namorona qui traverse la Région Vatovavy Fitovinany mais dont la source se trouve dans la Région Matsiatra Ambony. Comme ce fleuve Namorona alimente une centrale hydro-électrique, une dégradation du bassin versant le protégeant aura des impacts sur la fourniture d’électricité de plusieurs villes de la Province de Fianarantsoa.
A part les grandes rivières et les cours d’eau, la Région abrite également des lacs et des zones marécageuses non négligeables. (Source : Monographie UPDR 2003)
Quelques sites ayant fait l’objet d’études et d’inventaires méritent pourtant d’être soulignés :
- La zone d’Ambalakindresy est constituée par des lacs et des marais dont certains ont été déjà convertis en périmètres de culture et en rizières.
- Marais et lacs de la région de Sahambavy au bord du Chemin de Fer de Fianarantsoa-Côte Est (FCE) plus précisément à une vingtaine de kilomètres environ à l’est de la ville de Fianarantsoa.
- Marais d’Ambodivohitra : C’est un grand marais situé dans la forêt humide de moyenne altitude au nord est d’Ambalavao. Beaucoup de ruisseaux circulent dans la station entre la végétation herbacée qui couvre environ les 96% de sa superficie.
- Zones humides de la vallée de Manambolo Ces zones humides de la zone périphérique d’Andringitra comprennent une rivière et plusieurs marais localisés dans les dépressions et les bas-fonds de la vallée de Manambolo. La Région est bordée par des collines couvertes de lambeaux de forêt primaire de moyenne altitude et de savanes herbeuses. (Source : Profil environnemental de la Haute Matsiatra).